Organizacijska struktura Zavoda  ima važnu ulogu u cjelokupnom poslovanju  jer je jedna od njenih najvažnijih uloga što uspješnije raspodjeliti poslove, radna mjesta i radnike u svrhu ostvarenja planova, izvršenja redovitih zadataka i ispunjenja ciljeva Zavoda.

Oblikovanje organizacijske strukture određeno je snažnim utjecajem osnovnih čimbenika: zadovoljstva osiguranika,strategije , okruženja, razvoja organizacije , misije i vizije, uvažavajući stalne promjene u svim sferama poslovanja